Ekstrakurikuler Ikatan Remaja Masjid (IRMA) dan Keputrian merupakan wadah pembinaan peserta didik di MAN 1 Kota Cirebon yang berfokus pada penguatan karakter religius, akhlakul karimah, serta kepemimpinan Islami. Melalui berbagai kegiatan keagamaan, kajian Islam, pembiasaan ibadah, dakwah, pelatihan kepemimpinan, dan pembinaan khusus bagi siswi, ekstrakurikuler ini membekali peserta didik dengan pemahaman keislaman yang komprehensif sekaligus keterampilan sosial dalam berdakwah dan melayani umat. IRMA dan Keputrian juga berperan aktif dalam mendukung terciptanya budaya madrasah yang religius, moderat, serta melahirkan generasi yang beriman, berilmu, berakhlak mulia, dan mampu menjadi teladan di lingkungan madrasah maupun masyarakat.